Tudo começa em 1975 quando a missão Kolbe tinha a intenção de criar a igreja dedicada à São Francisco de Assis para entregar à Ordem dos Frades Menores Conventuais (OFMConv.). Em um barraco de madeira, nas dependências da 915 Norte de Brasília rezou a missa de inauguração da paróquia. Era dia 4 de outubro de 1981 e o frei a assumir a responsabilidade de pároco, foi o polonês Mieczyslaw Tlaga.

Com o intuito de edificar a casa de Deus e atender a toda a comunidade destinada à Paróquia São Francisco, em 1986 decidiu que iria construir a igreja em que seriam realizadas as celebrações. Planejou-se dois pavimentos: o de cima seria a nave principal e a parte inferior chamada de cripta, uma igreja menor. As celebrações eucarísticas inicialmente no barraco, em seguida no salão paroquial, desta vez foram transferidas para este novo local.

23 de julho de 1988 é implantada a cripta, acompanhada por uma grande confraternização. Cerca de cinco anos mais tarde é a vez da nave superior ter o seu primeiro ato litúrgico e no mesmo dia, 14 de novembro de 1993, o cardeal dom José Freire Falcão abençoou a nova matriz, a ela se referindo como Santuário São Francisco de Assis.

Servo fiel e precursor da missão da construção da igreja São Francisco, frei Mieczyslaw se despede depois de 15 anos de pároco e o frei João Batista Maria Wajgert, também polonês, continua a obra. Já em 13 de fevereiro de 2000 o polonês frei Casimiro Cieslik assume.

No dia 25 de maio de 2003, a Arquidiocese de Brasília institui a igreja como Santuário São Francisco de Assis, como é conhecida até hoje.